省部共建：
1、黑龙江省生物医药工程重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地（批准2003年主任：杨宝峰）
2、省部共建教育部生物医药工程重点实验（批准2007年主任：杨宝峰）
黑龙江省科技厅：
1、黑龙江省医学分子生物学重点实验室（批准1999年主任：傅松滨）
2、黑龙江省肿瘤生物治疗重点实验室（批准1997年主任：庞达）
3、黑龙江省肝脾外科重点实验室（批准2005年主任：代文杰）
4、黑龙江省营养与食品卫生学重点实验室（批准2006年主任：孙长颢）
5、黑龙江省感染与免疫重点实验室（批准2007年主任：张凤民）
6、黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室（批准2007年主任：李文志）
卫生部：
1、卫生部病因流行病学重点实验室（批准1985年主任：孙殿军）
2、卫生部细胞移植重点实验室（批准2000年主任：周晋）
黑龙江省普通高校：
1、哈尔滨医科大学医学遗传学重点实验室（批准2002年主任：傅松滨）
2、哈尔滨医科大学营养与食品卫生学重点实验室（批准2002年主任：孙长颢）
3、哈尔滨医科大学药物研究重点实验室（批准2002年主任：杜智敏）
4、哈尔滨医科大学神经外科重点实验室（批准2002年主任：赵世光）
5、哈尔滨医科大学麻醉基础理论与应用研究重点实验室（批准2002年主任：李文志）
6、哈尔滨医科大学病因流行病学重点实验室（批准2002年主任：孙殿军）
7、哈尔滨医科大学医学病原学（BSL-3）重点实验室（批准2003年主任：张凤民）
8、哈尔滨医科大学肝脾外科重点实验室（批准2006年主任：代文杰）
9、哈尔滨医科大学移植免疫基础与应用重点实验室（批准2006年主任：于波 教育部待批）
10、哈尔滨医科大学神经生物重点实验室（批准2006年主任：李呼伦）
11、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室（建设中2006年主任：朱大岭）
哈尔滨医科大学重点实验室：
12、哈尔滨医科大学血液与造血系统疾病重点实验室（主任：周晋）
13、哈尔滨医科大学分子影像学重点实验室（主任：申宝忠）
14、哈尔滨医科大学肿瘤生物学基础重点实验室（主任：张清媛）
15、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室（主任：朱大岭）
